《红色警戒1999》是一部聚焦缉私扫黑的警匪剧。故事始于某夜，中国警方“雷霆行动组”果断出击，一举破获香港黑社会与大陆犯罪分子内外勾结的走私交易，当场生擒四龙帮老大陈雄。然而行动组却有意放走四龙帮原老大龙山，此举看似疏漏，实则暗藏深意——借龙山之手搅动四龙帮内部，挑起新旧势力之间的猜忌与内讧。

龙山重获自由后，四龙帮内部矛盾迅速激化，派系争斗不断升级，黑白两道暗流涌动。警方则借势布局，在错综复杂的线索中抽丝剥茧，步步紧逼走私网络的核心。剧中既有惊险的缉私行动，也有警匪之间心理与智谋的较量，更展现了公安干警在复杂局势下的果敢与智慧。随着内讧加剧，隐藏更深的犯罪链条逐渐浮出水面，一场关乎正义与罪恶的生死对决就此展开。