《还珠格格第二部》承接第一部故事，小燕子与紫薇的身份真相大白后，本应各自归位，但小燕子仍留在宫中成为还珠格格。此时，宫中迎来了一位美丽多情的回族公主香妃，乾隆对她一见倾心，宠爱有加。然而香妃并非自愿入宫，她心中始终惦念着昔日的恋人蒙丹。香妃的不幸遭遇引起了小燕子的极大同情，她与紫薇、金锁、尔康、永琪等人决定帮助香妃与蒙丹重逢。

与此同时，小燕子与永琪的感情面临新的波折，紫薇与尔康也因种种误会和外界阻挠而备受考验。皇后与容嬷嬷依旧视小燕子等人为眼中钉，屡次设计陷害，企图拆散这几对有情人。但小燕子凭借她的天真烂漫与机智勇敢，紫薇凭借她的温柔聪慧与坚韧，一次次化解危机。

最终，在众人的帮助下，香妃选择假死出宫，与蒙丹远走天涯，成就了一段凄美动人的爱情传奇。而小燕子与永琪、紫薇与尔康也在历经磨难后，更加坚定了彼此的感情，迎来了属于他们的幸福结局。全剧延续了第一部的轻松幽默与深情厚谊，成为无数观众心中的经典之作。