《薄樱鬼》以幕末京都为舞台，讲述少女雪村千鹤为寻找失踪父亲，从江户独自来到动荡的京都。途中她亲眼目睹了非人之物“罗刹”的残暴行径，命悬一线之际，被土方岁三所率领的新选组救下。为追查父亲与罗刹之间的关联，千鹤选择留在新选组，成为队中唯一见证者。

随着相处加深，她逐渐了解到新选组表面维护京都治安，暗中却背负着与罗刹对抗的沉重使命。土方岁三、冲田总司等队士各自怀揣信念与伤痛，在刀光血影中坚守职责。而千鹤父亲的失踪，似乎与罗刹的源头及新选组的秘密紧密相连。

作品融合历史与奇幻，在幕末风云变幻的背景下，描绘新选组的忠诚、牺牲与挣扎。千鹤从旁观者成长为并肩作战的伙伴，与土方等人共同面对罗刹的威胁和时代洪流的冲击。刀剑交鸣间，一场关乎京都命运与个人抉择的悲壮物语就此展开。