《某科学的超电磁炮》以镰池和马原作《魔法禁书目录》的外传形式展开，主角御坂美琴是学园都市仅有的七名Level 5超能力者之一，排名第三，人称“超电磁炮”。故事围绕她与室友白井黑子、初春饰利、佐天泪子等伙伴的校园生活与战斗经历展开。

学园都市面积占东京都西部三分之一，居住着230万人口，其中八成是学生。都市与外界隔离，研究最尖端科技，所有学生都接受超能力开发，通过药物、催眠术与通电刺激等方式取得能力。能力按范围和威力分为无能力者（Level 0）至超能力者（Level 5）。

本作以美琴的视角描绘学园都市的暗部与日常，既有轻松幽默的友情互动，也有涉及“绝对能力者进化计划”等沉重阴谋的激烈战斗，展现少女们在科学侧世界中的成长与羁绊。