《女神候补生》以星历4088年为背景，人类因星系间危机失去了大多数惑星，残存者将希望寄托于唯一幸存的惑星“ZION”。但ZION遭到不明外星生物“牺牲者”（威克提姆）的威胁，人类被迫使用巨大机械人型兵器“女神”（英格莉德A·H·W）与之对抗。少年零·艾诺莫托怀揣成为女神驾驶员的梦想，进入训练机构接受严苛选拔。在那里，他结识了性格各异的同伴，共同经历战斗训练与实战考验。随着“牺牲者”攻势加剧，候补生们不得不直面生死抉择与内心成长。作品融合科幻机战与少年成长主题，展现人类在绝境中的希望与羁绊。