《元气少女缘结神第二季》延续了第一季的奇幻恋爱物语。桃园奈奈生因好赌的父亲欠债失踪，被讨债人赶出家门，流浪街头时帮助了一位被狗追赶的懦弱男人，意外获得对方转让的“家”，从此成为土地神，并与狐妖神使巴卫同居。

第二季中，奈奈生逐渐适应神明生活，与巴卫的感情在吵闹与守护中不断升温。然而巴卫过去的契约与记忆成为两人之间的障碍，奈奈生努力解开巴卫的心结，同时面对来自出云、高天原等神界的试炼。新角色登场，旧敌再临，奈奈生用元气与真诚化解危机，也一步步接近成为真正土地神的道路。本季在轻松搞笑中融入深情虐恋，展现了少女跨越人与神界限的勇敢爱恋。