《数码宝贝2》是《数码宝贝大冒险》的正统续作，故事承接太一等人告别数码世界之后。数码世界的大门依然向人类敞开，但内部并未迎来长久和平，新的纷争不断涌现，急需一批被选中的孩子来维护数码世界与人类世界的和平。

本宫大辅、井上京、火田伊织等新被选中的孩子相继登场，与各自的搭档数码宝贝建立羁绊。曾被黑暗力量影响的一乘寺贤也以全新身份加入队伍，众人共同面对新的敌人与危机。

作品延续系列热血与成长主题，在冒险中探讨友情、责任与勇气，展现新一代孩子们如何接过前辈的使命，守护两个世界的和平。