《女神候补生》以星历4088年为背景，人类因星系间危机失去绝大多数惑星，仅存唯一惑星ZION成为全人类的希望。然而ZION遭到不明外星生物“牺牲者”的侵袭，人类面临灭绝危机。为了对抗这一威胁，人类设立了女神候补生培养机构G.O.A.，选拔少年少女驾驶巨大机器人“女神”迎战。

主角零怀揣成为女神候补生的梦想，进入G.O.A.接受严苛训练。他结识了性格各异的同伴，在竞争与合作中不断成长。随着剧情推进，零逐渐揭开“牺牲者”与ZION背后的真相，也直面自身命运的沉重。作品融合机甲战斗、科幻设定与少年成长，展现人类在绝境中的挣扎与希望。